To ΜΠΣ έχει διετή διάρκεια. Απονέμονται τίτλοι σε δύο κατευθύνσεις: Γνωσιοθεωρία και Μεταφυσική, Ηθική και Πολιτική Φιλοσοφία. Οι φοιτητές παρακολουθούν κατά το πρώτο έτος σπουδών ένα κοινό εντατικό πρόγραμμα σεμιναρίων. Στο δεύτερο έτος παρακολουθούν αποκλειστικά μαθήματα ειδίκευσης. Οι σπουδές ολοκληρώνονται με την συγγραφή και παρουσίαση διπλωματικής εργασίας στην κατεύθυνση ειδίκευσής τους.

Το πρόγραμμα προσανατολίζεται και στις δύο κατευθύνσεις προς τη σύγχρονη φιλοσοφία (αναλυτικής και ηπειρωτικής παράδοσης), τη φιλοσοφία 18ου-19ου αιώνα καθώς και την αρχαία ελληνική φιλοσοφία. Απευθύνεται, μεταξύ άλλων, σε πτυχιούχους φιλοσοφίας που επιθυμούν να εμβαθύνουν ερευνητικά και να εξειδικεύσουν την φιλοσοφική τους κατάρτιση, σε πτυχιούχους άλλων ακαδημαϊκών κατευθύνσεων με ενδιαφέρον για θεμελιώδη φιλοσοφικά ζητήματα σχετικά προς τα επιστημονικά τους πεδία, και σε εκπαιδευτικούς της Μ.Ε. που επιθυμούν μια εμπεριστατωμένη επιμόρφωση στην φιλοσοφία.